Le système d'information de la MSA est composé des répertoires et traitements nationaux qui permettent de disposer d'une vue consolidée des éléments de références indispensables pour la gestion des individus, de leurs carrières et des entreprises.

Pour ces répertoires, l'exploitation du produit informatique est réalisée au Centre Cimafap, sur le site de Nanterre, qui héberge aussi les applications spécifiques de la caisse centrale.

L'ensemble des applications métiers nécessaires aux MSA pour la gestion des adhérents et de leurs droits se trouve au niveau régional.

Au niveau régional, sont également gérés les applications informatiques décisionnelles, basées sur un infocentre et des outils de génération de tableau de bord, les applications supports transverses et communes (GED, Workflow, etc.) et les applications de Gestion Interne (paye, contrôle interne, etc.).

Cinq centres informatiques régionaux sont en charge de l'exploitation du produit :
- CIMAFAP à Avelin,
- CIMAEST à Ludres,
- CIMARAL à L'Isle d'Abeau,
- CITIMAM à Montauban,
- GIMSAO à Mordelles.